1.明确了外资企业拆除营业用房的所得税处理

2月，《国家税务总局关于外商投资企业拆除营业用房所得税处理问题的批复》（国税函[2006]154号）规定，外商投资企业营业用房投入使用前所发生的初次装修费，应计入固定资产原值，并按税法的规定计提折旧。重新装修时被拆除的初次装修设施，不得作为固定资产损失，从固定资产原值中扣除，变价收入可以抵减重新装修费用。

2.常设机构判定及利润归属进一步明确

7月，《国家税务总局关于外国企业在中国境内提供劳务活动常设机构判定及利润归属问题的批复》（国税函[2006]694号）明确规定，外国企业通过其雇员在中国境内为某项目提供劳务构成常设机构的，其源自有关项目境内劳务的利润应视为该常设机构的利润并征税。

3.“营业”和“准备性或辅助性”的再定义

3月，《国家税务总局关于税收协定常设机构认定等有关问题的通知》（国税发[2006]35号）一文对税收协定常设机构认定中“营业”和“准备性或辅助性”活动进行了解释。

4.转让定价税收管理有新规

9月，《国家税务总局关于关联企业间业务往来转让定价税收管理有关问题的通知》（国税函[2006]901号）规定，对企业与其境外关联企业之间的业务往来转让定价调增的应纳税所得，若企业未通过相应调整程序作相应账务调整的，其境外关联企业取得的超过没有关联关系所应取得的数额部分，应视同股息分配征收所得税，该股息不得享受免征所得税的优惠。

5.执行税收协定利息所得征免税问题

3月，《国家税务总局关于执行税收协定利息条款有关问题的通知》（国税函[2006]229号）规定，凡我国对外签署的避免双重征税协定利息条款中规定缔约国对方中央银行、政府拥有的金融机构或其他组织从我国取得的利息应在我国免予征税的，上述有关银行（机构）可在每项贷款合同签署后，向利息发生地主管税务机关申请享受有关协定待遇。

6.对产品全部直接出口的允许类投资项目购进国产设备退税加大监管力度

《国家税务总局关于外商投资企业采购国产设备退税有关问题的批复》（国税函[2006]203号）对产品全部直接出口的允许类投资项目购进国产设备退税，采取了进一步的监管措施，产品全部直接出口的允许类企业在5年的监管期内，不能将产品全部直接出口的，即使没出现《外商投资企业采购国产设备退税管理试行办法》（国税发[1999]171号）文第十六条的行为，其采购国产设备已退税款也要全部追回。

7.外资企业购买国产设备退税有重大调整

《财政部、国家税务总局关于调整外商投资项目购买国产设备退税政策范围的通知》（财税[2006]61号）对外商投资企业享受国产设备退税的企业范围、分支机构申请办理退税、鼓励项目适用范围界定、国产设备范围等方面进行了调整。